Articles: les references de mes articles (list of my papers, with their PDF, for most recent ones).
Ma Boite aux lettres (private).
Les moteurs de recherche, etc: Startpage, Duckduck, Qwant, Baidu, Google, (Scholars, Images), des cartes, des Actualites. L'encyclopedie libre; en version francaise; les images. La chaine meteo, Researchgate, Wanadoo, Free.
Les proteines: la PDB (Protein Data Bank), que l'on peut interroger par mots-cles (Pdbsum). Des informations sont aussi disponibles en ce qui concerne les structures en attente (on hold). Les blocs proteiques (B. Offmann); le pKa des residus d'une proteine (J.H. Jensen); les glycosidases (CAZY); des structures obtenues par Cryo-electromicroscopie; des structures RMN recalculees (RECOORD); les diverses classes architecturales: CATH ou SCOP; des alignements structuraux par paires (all-to-all); les changements de conformation; les proteines membranaires; leur topologie; les enzymes; le Catalytic Site Atlas; les proteases; les calciproteines a mains EF; les knottins (L.Chiche); les hemoglobines; les histones; les ligands (dans la pdb); la chimiotheque nationale; les virus (VIPER); des decoys; le site du GDR de Bioinformatique Moleculaire; la modelisation par homologie (Modeller); de boucles (A. Fiser); le docking (rigide) proteine-petite molecule via PATCHDOCK (R. Nussinov, H.J. Wolfson); le docking proteine-proteine via CLUSPRO (C. Camacho); la reconnaissance de repliements via THREADER (D.T. Jones); le protein folding via ROBETTA ou Fold.it (D. Baker); le protein design via RosettaDesign (see also RosettaCommons); les experiences CASP. Les plateformes de calcul scientifique volontaire BOINC, World Community Grid. Calcul de la deformabilite locale d'une proteine (P. Chacon).
GROMACS: The documentation, the online reference; seven introductory tutorials.
CHARMM: La documentation des versions recentes; un cours; un Wiki; la documentation de X-Plor.
Bibliographie: Bibliovie (revues en ligne + SCI); la Medline/Pubmed (NCBI); des references en ligne (CiteUlike); l'arXiv de Cornell; annotee pour l'astrophysique; la biorXiv (Cold Spring Harbor); viXra (no endorsment); l'archive en ligne du CNRS; la mediatheque correspondante; les theses; francaises; Philica (peer-review ouvert); New Scientist; La Recherche; Images de la physique (CNRS). l'INIST; la BU (Nantes); Le catalogue collectif de la BNF; celui de la bibliotheque du congres US; l'Internet Archive.
Normal Modes. To compute low-frequency modes using the Elastic Network Model in an all-atom representation (if you wish), try: ELNEMO (K.Suhre); to be upgraded to: ELNEMO2 (under development); there, you can also generate a set of "perturbed" structures, so as to mimic the functional flexibility of your system (e.g. a protein), by distorting it along one or two of its low-frequency modes. This can prove useful for solving difficult molecular replacement problems, for instance. A related dowloadable tool, called NORMA, allows for flexible fitting of high-resolution protein structures into low-resolution electron-microscopy density maps. ELNEMO and NORMA use the fortran 77 programs PDBMAT and DIAGRTB, which are freely available. PDBMAT computes the Hessian, using the Elastic Network Model. DIAGRTB yields the low-frequency normal modes, by diagonalizing the Hessian, using the RTB approximation. For not too large systems, BLZPACK (BLock lancZos PACKage) is a very efficient diagonalizer. It is available from the homepage of Osni Marques. Nonlinear models can also be considered, using nnmdw. AD-ENM (B.R.Brooks) and ANM (I.Bahar) use the same Elastic Network Model as ELNEMO, but allows only for a single-atom per residue representation. ENCoM (Najmanovich) and WEBnm@ (K.Hinsen) use other kinds of Elastic Network Models, also with a single-atom per residue representation. The later model has been used to generate a database of motion movies: NMA-Movie (M.Gerstein). For computing atom fluctuations (B-factors), using an even simpler protein model (sic): GNM (I.Bahar). ProMode (N.Go): is a database of modes computed with FEDER (all-atoms, dihedral coordinates, empirical potential; for proteins with less than 300 aa). For small proteins (less than 150 aa), you can compute them at the same level of detail, using GROMACS, with: NOMAD-ref (M.Delarue). In this later site a lot of tools are available, for performing normal mode analyses, structure refinment, etc. To learn about the underlying methods, there is a rather recent Book, edited by Ivet Bahar and Qiang Cui. To get a flavor of what the modes of a simple object may look like, the low-frequency vibrations of a free sphere can be viewed in 3D, as well as those of the Earth.
Les genes et les sequences: Le site de l'institut de bioinformatique suisse (Uniprot); Genbank (also for Swissprot and PDB sequences); de jolis arbres phylogenetiques; la Gene DB; les genomes: d'Arabidopsis; de la levure; ses SNPs (entre autres); les chromosomes I,II,III,IV,V,X du planaire (C.Elegans); les sequences des histones; un Wiki pour la bioinformatique.
Modeles sur reseau. The Cambridge Cluster Database. Les resultats de l'optimisation d'agregats de van der waals, de molecules d'eau TIP4P, etc. Pour les agregats de van der waals, on y trouve: quelques images (n=38,69,75...); la symetrie, l'energie, les coordonnees cartesiennes de chaque minimum connu, pour n=3-110,147-150,... On trouve (entre autres) des images des minima des agregats de Morse dans la these de J.P.K. Doye. Voir aussi: les icosaedres etoiles; et des polyedres varies.
Des programmes: de modelisation biophysique (SimTK); de dynamique moleculaire (gratuits): GROMACS, integre a la distribution UBUNTU, utilisable via WeNMR ou Scalalife; NAMD (Illinois, en C++. Compatible avec X-Plor), TINKER (v6 en Fortran 95; avec AMOEBA), son Wiki, ORAC (Fortran), NWChem (PNNL, avec de l'Ab initio). Peu chers: GROMOS (Van Gunsteren, Zurich), AMBER (David Case, Rutgers), DLPOLY (Daresbury, en fortran. Une partie est en fortran 90 depuis la version 2.11, les methodes utilisees sont decrites en details). Et bien sur: CHARMM (Karplus, Harvard). Visualisation: VMD; Molscript. Analyse de fichiers pdb: Profit (doc). Modelisation par homologie: MODELLER. Des exemples de ce que donnent les styles disponibles pour BibTeX; un Wiki pour Linux; des notes (wikisys); l'Agence de protection des programmes.
Sous. Ph.D. theses in France; ou trouver une bourse; les programmes d'action integree.
Les conferences, etc: celles annoncees sur le site de l'EDP. Les workshops du CECAM (en Ile de France). "Modelisation des macromolecules biologiques": Cours et TP (une ecole qui fut organisee a Bordeaux, du 17 au 21 juin 2002); la LOCNET Training School on "Energy Localisation and Transfer in Crystals, Biomolecules and Josephson Arrays" (Les Houches:, Jan 27-Feb 1, 2003).
De la physique: un joli survol (de l'astrophysique, de la chimie, etc); les supernovae a grand decalage; les lentilles gravitationelles; les pulsars; les quasars recenses par la Sloan Digital Sky Survey; le Tableau Periodique des elements; des banques de donnees avec des spectres atomiques; et/ou moleculaires; Ampere.
Et pour ne pas perdre de vue l'essentiel: un peu d'art (vraiment) contemporain; quelques commentaires; l'Oeil; Alloexpo; les jardins japonais; de la poesie; les sites de Nicolas Bouvier (1929-1998), Douglas Adams (1952-2001) et Robert Sheckley (1928-2005); le lagunage; arce; wikiwil; wikinfo; l'inventaire national du patrimoine naturel; la pollution industrielle en Europe; la documentation francaise (les rapports publics); des jeux (des parties interactives de Go).